About Poem:

Proteins are the nanoscale machinery of all the known cellular life. Amazingly, these large biomolecules with up to 100,000 atoms fold into unique three-dimensional shapes in which they function.
These functions include all cellular chemistry (metabolism), energy conversion (photosynthesis) and transport (oxygen transport), signal processing in the brain (neurons), immune response and many others, often with an efficiency unmatched by any man-made process. Protein malfunction is often related to diseases and thousands disease-related proteins have been identified to date, many with still unknown structure.
To understand, control or even design proteins we need to study protein structure, which is experimentally much harder to obtain than the information about the chemical composition (sequence) of a specific protein.

As of late, our core department of protein structure prediction has been complemented by other nanoscale molecule simulations. Within the scope of polymer crystallography we are e.g. researching conformations of organic hydrocarbonates.
Still focusing on proteins, this project keeps the established title POEM@HOME nevertheless.

By joining this project you will contribute to a computational approach to

predict the biologically active structure of proteins
understand the signal-processing mechanisms when the proteins interact with one another
understand diseases related to protein malfunction or aggregation
develop new drugs on the basis of the three-dimensions structure of biologically important proteins.
simulate miscellaneous nanoscale systems, which are of importance for current biological or physical research

POEM@HOME implements a novel approach to understand these aspects of protein structure, which lends itself very well to worldwide distributed computing. The scientific approach behind POEM@HOME is a computational realization of the thermodynamic hypothesis that won C. B. Anfinsen the Nobel Prize in Chemistry in 1972.

Technical backbone of the POEM@HOME project is our simulation framework SIMONA (SImulation of MOlecular and NAnoscale systems), which will be released under an open source license soon, and will be available here.

So please help us, by joining POEM@HOME, solve the scientific mysteries described above and decipher the biological information encoded in proteins of unknown structure.

POEM@HOME is a purely academic, non-profit project to improve our understanding of biomolecular structure and function. All substantial result of POEM@HOME will be published in international peer reviewed journals with proper credit to the POEM@HOME volunteers.




Sobre Poem:


Las proteínas son la maquinaria a nanoescala, de toda la vida celular conocida. Sorprendentemente, estas biomoléculas de gran tamaño con más de 100.000 átomos se pliegan en tres dimensiones únicas formas en que funcionan.
Estas funciones incluyen toda la química celular (metabolismo), la conversión de energía (fotosíntesis) y el transporte (transporte de oxígeno), el procesamiento de señales en el cerebro (neuronas), la respuesta inmune y muchos otros, a menudo con una eficiencia inigualable por cualquier proceso por el hombre. El mal funcionamiento de las proteínas, es a menudo relacionada con las enfermedades y miles de otras proteínas relacionadas con la enfermedad, han sido identificadas hasta la fecha, muchas de ellas con estructura desconocida.
Para comprender, controlar incluso proteínas de diseño que necesitamos para estudiar la estructura de la proteína, que es experimentalmente mucho más difícil de obtener que la información sobre la composición química (secuencia) de una proteína específica.

En los últimos tiempos, nuestro departamento central de predicción de estructura de proteínas se ha complementado con otras simulaciones de moléculas a nanoescala. Dentro del alcance de la cristalografía de polímero que son, por ejemplo investigando conformaciones de hydrocarbonates orgánicos.
Aún se centra en las proteínas, el proyecto mantiene el título Poem@home establecida, sin embargo.

Al unirse a este proyecto que contribuirá a un enfoque computacional para

Predecir la estructura biológicamente activa de las proteínas
entender los mecanismos de procesamiento de señales cuando las proteínas interactúan unas con otras.
Comprender enfermedades relacionadas con la proteína mal funcionamiento o agregación
Desarrollar nuevos fármacos sobre la base de la estructura de tres dimensiones de proteínas biológicamente importantes.
Simular varios sistemas de escala nanométrica, que son de importancia para la investigación en curso biológico o físico

Poem@home implementa un nuevo enfoque para comprender estos aspectos de la estructura de la proteína, que se presta muy bien a la computación distribuida en todo el mundo. El enfoque científico detrás Poem@home es una realización de la hipótesis de cálculo termodinámico que ganó CB Anfinsen el Premio Nobel de Química en 1972.

Técnico de la columna vertebral Poem@home es nuestro proyecto de simulación marco SIMONA (simulación de sistemas moleculares y nanoescala), que será lanzado bajo una licencia de código abierto pronto, y estará disponible aquí.

Así que por favor nos ayude, al unirse Poem@home, resolver los misterios científicos descritos anteriormente y descifrar la información biológica codificada en las proteínas de estructura desconocida.

Poem@home es puramente académico, sin fines de lucro, un proyecto para mejorar nuestra comprensión de la estructura biomolecular y la función. Todo resultado sustancial de Poem@home será publicado en revistas internacionales inter pares crítica con el crédito apropiado a los voluntarios de este proyecto.






POEM Protein Folding:

Microsoft Windows (98 or later) running on an Intel x86-compatible CPU

Linux running on an Intel x86-compatible CPU

Mac OS 10.4 or later running on Intel

POEM++

Microsoft Windows (98 or later) running on an Intel x86-compatible CPU

Linux running on an AMD x86_64 or Intel EM64T CPU

Mac OS 10.5 or later running on Intel 64-bit CPU

POEM++ OpenCL version

Microsoft Windows (98 or later) running on an Intel x86-compatible CPU

Microsoft Windows (98 or later) running on an Intel x86-compatible CPU

Linux running on an AMD x86_64 or Intel EM64T CPU (opencl_ati_100)

Linux running on an AMD x86_64 or Intel EM64T CPU





Url proyecto: http://boinc.fzk.de/poem/index.php

Url equipo: http://boinc.fzk.de/poem/team_display.php?teamid=62

Server status: http://boinc.fzk.de/poem/server_status.php

Este proyecto trata sobre:

- Predecir la actividad biol?gica estructura de las prote?nas.
- Comprender los mecanismos de procesamiento de la se?al de las prote?nas, cuando interact?an entre s?.

-Comprender las enfermedades relacionadas con el mal funcionamiento o la agregaci?n de prote?nas.

-Desarrollar nuevos medicamentos sobre la base de las tres dimensiones de la estructura de las prote?nas biol?gicamente importantes.

Este tiene buena pinta.... me apunto!!...

Que tal

Me acuerdo cuando empezo el rosetta aquella madrugada del sabado que empezo como este,o por lo menos se asemeja mucho en su estructura.Esperemos que sea como el rosetta aunque las comparaciones son odiosas.

De buen grado espero que este proyecto se acerque a la fuerza y el empuje de el citado.

un saludo

Ya se ha incorporado a las estadisticas boincstats.


a machacarlo.....

Investigando por google me he encontrado el proyecto POEM@home. Parece ser que investiga y predice la estructura de la proteina y que son alemanes. He visto que el equipo le procesa. ? Se le puede procesar en windows 32 bit ? ? ten?is alguna informaci?n m?s ?. Parece ser que est? en proceso alfa. Saludos

Uno tu post al ya existente sobre el tema.

Se me habia pasado colocar un enlace al equipo en poem home,colocado esta(Pagina de inicio)

English: The big moment has come. We plan to release the first CPU client of POEM++ on Thursday the 16th of September. On this day we will release the Linux 64BIT client, followed by the Windows 32BIT on Friday the 17th (if there are no major regressions found, which we will report on.) If this also goes well the Windows 64BIT and Linux 32BIT clients will follow the 27th and 28th. GPU applications are also in the pipeline, but we won't give any releasedate, until the CPU app is proven to work stable on POEM@HOME. Thanks for your enormous patience.


El gran momento ha llegado. Tenemos la intención de lanzar el primer cliente CPU POEMA + + el jueves que el 16 de septiembre. En este día vamos a lanzar el cliente de Linux de 64 bits, seguido por el 32BIT Windows el viernes día 17 (si no hay problemas.) Si esto también va bien la 64 bits de Windows y Linux 32BIT clientes seguirán 27 y 28. Las aplicaciones GPU también están en espera, está demostrado que funcionan de forma estable en POEM @ HOME. Gracias por su gran paciencia.

Resumiendo, que lanzan una aplicación para aprovechar los procesadores a 64 bits.

Otro proyecto que se desvirtúa.

El pasado 23 de diciembre lanzaron aplicación para gráficas.

Millones de puntos lloverán a partir de ahora... que pena.

Vamos jefe, no se me apene...piense que todo lo que sea para generar conocimiento y para entender mejor el mundo debe ser bienvenido. Nosotros seguiremos en pie!!!

Pues esa es mi pena: la cantidad de usuarios que se van a unir porque solo ven que ahora dan mas puntos, sin preocuparse de ese conocimiento, ni de tan siquiera con qué están colaborando.

Me queda el consuelo de que al menos éste es un proyecto mucho mas útil que la mayoría de los que existen para gráficas, y aunque sea por los puntos, aquí realmente se beneficiará la medicina.

Buenas, no se si alguno habeis computado ya con la GPE, pero en mi caso con la ATI 4850 ha tardado 50horas y pagado 3200 creditos. Me da que esto no es norma, ¿os pasa lo mismo?

Saludos y feliz año,

Pues ogliagh, dinos como lo has hecho porque yo llevo 2 dias intentando que me baje tareas a 2 ATIs de gama medio-baja y nada. Y veo que la mayoria esta como yo, no sacamos puntos en este proyecto menos Chulma de Titanes que no se como lo hace.

Jose.

Acotación:

He abierto un hilo en nuestro foro explicando los pasos que he seguido para procesar en el proyecto POEM con las gráficas ATI.

Un salu2