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Re: Lanzamiento de 2ª Fase de Discovering Dengue Drugs - Together
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Desde ayer parece que hay abundancia de unidades de Discovering Denge Drugs 2ª Fase.

A veces pone lo de ...

01/02/2011 20:39:57 World Community Grid Message from server: No work is available for Discovering Dengue Drugs - Together - Phase 2
01/02/2011 20:39:57 World Community Grid Message from server: No work is available for Discovering Dengue Drugs - Together - Phase 2 (Type A)
01/02/2011 20:39:57 World Community Grid Message from server: No work available for the applications you have selected. Please check your settings on the website.

pero al tercer o cuarto intento baja 1 o 2 WUs nuevas. Ahora tengo cerca de 30 unidades en la cola. Yo he desmarcado el resto de proyectos de WCG y he dejado en exclusiva este. Como es un proyecto marcado como "intermitente" hay que aprovechar. El "mosquito de bronce" ya esta mas cerca

Enviado el: 1/2/2011 20:46
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Re: Lanzamiento de 2ª Fase de Discovering Dengue Drugs - Together
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A mi la semana pasada me entraron 2 sin hacer nada en especial... así que faltarán unos añitos hasta que llegue al mosquito jejeje.

Enviado el: 1/2/2011 21:30
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Re: Lanzamiento de 2ª Fase de Discovering Dengue Drugs - Together
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Yo llevo casi todo un mes procesando este subproyecto, entran con cuentagotas, entran solo dos tareas y cuendo acaban entran una o dos y asi casi todos los dias. Pero con varios ordenadores he conseguido pasar al mosquito verde.

Ahora, aunque haga alguna tarea me voy a centrar en einstein.

Jose

Enviado el: 1/2/2011 22:14
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Re: Lanzamiento de 2ª Fase de Discovering Dengue Drugs - Together
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Yo he subido la cache a 4 dias durante esta mañana y me han entrado unas 30 tareas. Luego la he vuelto a bajar para no ahogar a Einstein@home

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Saludos

Enviado el: 1/2/2011 22:25
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Re: Lanzamiento de 2ª Fase de Discovering Dengue Drugs - Together
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Tienes un buen cacharro, a mi me tarda mas de tres horas en hacer una tarea del mosquito 2.

En alguna de mis maquinas tambien me ha bajado 20 o mas tareas ultimamente.

Jose

Enviado el: 1/2/2011 22:50
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Re: Lanzamiento de 2ª Fase de Discovering Dengue Drugs - Together
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Vuelve a haber unidades disponibles de Discovering Dengue Drugs Fase 2 segun comentan en el foro de WCG

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,29732_lastpage,yes#lastpost

y por lo visto duraran algunas semanas. Si quereis que bajen unas cuantas debereis dejarlo como subproyecto en exclusiva de WCG y desmarcar lo de que "baje de otros proyectos si no hay trabajo". Asi cada pocos minutos pide tareas, unas veces pescara alguna de Dengue y otras veces dira que no hay tareas, pero como lo hace cada poco la cola se ira llenando. Si se tienen marcados otros subproyectos bajaran siempre WUs de los que mas tengan disponibles en detrimento de Denge.

Avisados estais para los que querais tener la medalla del mosquito

Saludo

Enviado el: 24/2/2011 23:35
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Re: Lanzamiento de 2ª Fase de Discovering Dengue Drugs - Together
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A mi me estan llegando con cuentagotas desde el 22 por la tarde, lo tengo activado como dice Lymal.

Un saludo
Jose.

Enviado el: 25/2/2011 12:47
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Re: Lanzamiento de 2ª Fase de Discovering Dengue Drugs - Together
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Última actulización. (Les han dado una beca con el dinero de la competición Jeopardy )



Muchas disculpas por el intervalo entre las actualizaciones. Y, gracias por su paciencia y los tiempos de cpu a medida que avanzamos en las etapas finales de este ambicioso proyecto.

La fase 2 ha sido completamente optimizada, probada y puesta en marcha. Los resultados iniciales de nuestro largo tiempos sin tareas de cálculo, puesto en marcha durante el año pasado en los sistemas de prueba, han apoyado a nuestras expectativas de que estos cálculos ofrecen mejores tasas de enriquecimiento y la reducción de las tasas de falsos positivos en relación con el cribado virtual basado en los programas tradicionales de acoplamiento ( en este caso, AutoDock). Más detalles se proporcionan a continuación.

Fase A, pesar de que continúan los casos de prueba de referencia (basado en los sistemas desarrollados por Shoichet y laboratorios Irwin [http://dud.docking.org/]) para entender mejor las fortalezas y limitaciones de nuestro enfoque por fases, hemos lanzado dos series de producción para el dengue y el virus del Nilo Occidental proteasas, y están preparando la proteasa del virus de hepatitis C de la Fase 2 los cálculos de energía libre. Cada fase del segundo ciclo de producción se espera que lleve ~ 4 meses (basado en el los tiempos de respuesta que estamos viendo con los sistemas de prueba).

Para completar, hemos terminado las pruebas de laboratorio (es decir, mediante ensayos de inhibición de la proteasa) de ~ 50 compuestos predecir a partir de la fase 1 de simulaciones son inhibidores potenciales del dengue y las proteasas del Nilo Occidental. No es sorprendente (en realidad, muy esperado), que ninguna de las pruebas de Fase 1 "éxitos" que se mostraron en las actividades más prometedoras de dengue ya descubiertas y el Oeste del Nilo inhibidores de la proteasa (véase, por ejemplo, Tomlinson y Watowich, los inhibidores de antraceno basado de dengue virus de la proteasa NS3-NS2B. 2011. Res. antivirales. 89, 127-35). Es la fase 2 de las simulaciones que se espera encontrar compuestos que son inhibidores de la proteasa buena (y, por tanto, los antivirales bueno).

Para aquellos interesados, aquí están algunos detalles sobre las pruebas iniciales que se realizaron para validar nuestros cálculos actuales de energía libre. Un experimento virtual de detección en pequeña escala, con una colección de 16 carpetas y 14 carpetas, no a la proteína lisozima, mostró que la energía libre de cálculos vinculante podría discriminar con precisión entre los aglutinantes y no aglutinantes. Las tasas de éxito de la energía libre de las predicciones de unión seguida muy de cerca una curva ideal, y son una mejora con respecto a las predicciones Autodock. Estos resultados demostraron que las dos fases enfoque podría reducir los falsos positivos en los experimentos de cribado virtual.

Un experimento terminó recientemente Virtual de Revisión de mediana escala (utilizando nuestra Fase 1 y la estrategia de la Fase 2) examinó el agonista del receptor de estrógeno sistema disponible de Shoichet e Irwin "Directorio de señuelos útiles" (DUD). Este sistema de análisis en el que figuran ~ 70 inhibidores conocidos pequeñas moléculas y ~ 2.300 ligandos químicamente similares que se suponen no aglutinantes (es decir, señuelos). Desde el punto de vista práctico, estamos más interesados ​​en la tasa de éxito a principios de los cálculos de cribado virtual, ya que esto determinará nuestro éxito en la validación de los inhibidores de lo previsto en el laboratorio. Debido a limitaciones de tiempo y presupuesto, que sólo es práctico para probar unas cuantas docenas a algunos cientos de las mejores predicciones por equipo. Por lo tanto, es importante que las mejores predicciones de la computadora se correlacionan fuertemente con aglutinantes de verdad. Se compararon las tasas de éxito a principios de Autodock y los cálculos de energía libre. En promedio, la energía más baja Autodock-auguró "éxitos" había una tasa de éxito de ~ 15%, mientras que el más bajo de energía libre-auguró "éxitos" había una tasa de éxito de ~ 40%. La tasa de éxito varía en función del número de los mejores predijo "éxitos" que se examinaron, pero por lo general los cálculos de energía libre identificados ~ 3 veces más de aglutinantes los cálculos Autodock.

Estamos investigando métodos para mejorar aún más, la tasa de éxito de los cálculos de energía libre, ya que nos gustaría que las tasas de principios de éxito superasen el 80%. Además, estamos terminando la fase 2 de cálculos adicionales en los sistemas de prueba DUD para determinar si lo observado mejora basado en la energía de la tasa de éxito y son aplicables a las proteínas de destino diferente. Esto es necesario, ya que las tasas de éxito virtual de detección varían considerablemente en función de la proteína "diana". Si alguien está interesado, dentro del portal de cribado virtual libre que hemos construido se han publicado los resultados obtenidos de ejecutar varios programas de cribado virtual contra las 40 "dianas proteicas" (y bibliotecas) que forman parte de la base de datos DUD.

Por último, tenemos el honor de haber sido galardonados con una beca de la Fundación Internacional de IBM para la realización de un análisis más amplio de compuestos predicha por los cálculos de World Community Grid. La beca de la Fundación Internacional de IBM se basa en parte en el premio en metálico recibido de la reciente Jeopardy! Al ganar el superordenador de IBM Watson.

Gracias.

Enviado el: 11/3/2011 12:11
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Re: Lanzamiento de 2ª Fase de Discovering Dengue Drugs - Together
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Hoy dia 22 estan lanzando otro paquete de WUs de DDDT Fase2. Acabaran mañana sabado.

Ya sabeis que las WUs de DDDTF2 caen con cuentagotas asi que avisados estais.

Buena pesca

Enviado el: 22/7/2011 22:23
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Re: Lanzamiento de 2ª Fase de Discovering Dengue Drugs - Together
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Muchas gracias Lymal por el aviso. He podido pillar unas cuantas

Enviado el: 23/7/2011 18:14
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Re: Lanzamiento de 2ª Fase de Discovering Dengue Drugs - Together
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Gracias por el aviso, yo ayer pillé una

Enviado el: 24/7/2011 0:01
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Re: Lanzamiento de 2ª Fase de Discovering Dengue Drugs - Together
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En el foro de WCG decian que se acabaria el sabado pero hoy domingo todavia siguen llegando y tengo la cola bastante llena de WUs de DDDTF2.

Para pillar bastantes unidades la unica forma es desmarcar el resto de subproyectos de WCG y solo dejar Denge. De esta forma ayer ya cayo la medalla de Rubi !!

A por ellas que se acaban

Enviado el: 24/7/2011 11:50
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Re: Lanzamiento de 2ª Fase de Discovering Dengue Drugs - Together
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Pues yo de momento no he pillado ninguna.

Enviado el: 24/7/2011 11:54
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Re: Lanzamiento de 2ª Fase de Discovering Dengue Drugs - Together
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Tengo 11 en una máquina virtual de Ubuntu, subí caché y desmarqué todo. Suerte.

Enviado el: 24/7/2011 12:03
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