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Diferencia entre Rosetta@home y Proteins@home
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Bueno, pues como indica el topic, cu?l es la diferencia entre el proyecto Rosetta@home y Proteins@home?

Enviado el: 13/5/2007 16:04
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Re: Diferencia entre Rosetta@home y Proteins@home
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Que tal

La diferencia esta en el algoritmo matematico que da la secuencia estructural para analizar las diferentes proteinas y hacia donde se enfoca.Algunas se enfoca directamente para atajar una enfermedad especifica,el comportamiento de las celulas hacia una radiacion o sencillamente descomponer las proteinas en general.

Lo cual entre un proyecto y otro en si no hay muchas diferencias.Secuencias cortas y enfocadas en un sentido o otro.

El rosetta tiene mas medios,mas personal,mas dinero,y mejor reputacion y sobre todo mejor algoritmo y esta consigiendo gran cantidad de resultados positivos y parece que se esta enfocando directamente para desarrollar la solucion a las enfermedades directamente y el proteins esta analizando las cadenas de proteinas no enfocandola a ninguna enfermedad ensi, si no
descomponiendo para posteriormente cuando estos esten descompuesto encontrar la solucion a las enfermedades.La diferencia esta en el camino a seguir uno el roseta directamente y el otro bordeandolo.Desde mi punto de vista el proteins utiliza la mejor forma sabiendo las cadenas podremos atajar todas las enfermedades, no las mas usuales.Hay enfermedades poco conocidas que hacen mucho da?o distrofia muscular,etc...

No se si me explicado bien si no es asi intentare de nuevo explicarlo

un saludo

Enviado el: 13/5/2007 20:57
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Re: Diferencia entre Rosetta@home y Proteins@home
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Tal y como yo lo entiendo, despu?s de leerme el tost?n en franc?s de Eric en Proteins y el tochito en ing?s de Rossetta, se trata de dos intentos muy distintos para un mismo objetivo: ser capaces de predecir o calcular la forma (y por tanto la funci?n) de una proteina s?lamente conociendo su composici?n.

En Rosetta utilizan el medio "bruto", es decir, parten de la composici?n y asignan "comienzos" te?ricos de la posici?n, van tocando aqu? y all?, moviendo unos ?tomos unos micrones y calculando la energ?a, para ver por donde se minimiza (la estructura nativa 3d es la de menos energ?a!). Como ellos dicen, es como dejar caer 1000 exploradores en un planeta desconocido y que intenten buscar el punto m?s bajo respecto del nivel del mar solo paseando sobre el: cuando ven una cuesta abajo la siguen. Si se encuentran en un callej?n sin salida, vuelven y empiezan de nuevo. Con millones de ordenadores (exploradores) conf?an en que alguno encuentre el mar muerto (el punto m?s bajo de ESTE planeta)... pero puede que no. Por las pruebas que han hecho en la competici?n de oficial de adivinar formas de proteinas, no les va muy mal. S?lo necesitan un mont?n de potencia de calculo.

Cuando su algoritmo est? ok, podr?n correrlo sobre cualquier proteina y llegar a adivinar - con suerte sin muchos fallos - su forma (sin tener que hacer COSTOSOS ensayos que valen millones y millones) y con ella, saber si es ?til para algo.

En Proteins usan un sistema distinto: est?n intentando catalogar una base de datos sobre la forma de diversas secuencias de amino?cidos en diversas proteinas, con la esperanza de que esto les de pistas de como otras proteinas desconocidas, pero de composici?n conocida, pueden plegarse. Siguiendo la analogia de Rosetta, es como si los 1000 exploradores caen en un planeta y miran a su alrededor y dicen "co?o, esto es como el planeta xxx, el planeta yyy y el planeta zzz, y mira, aqu? tengo los mapas" y, casi sin perder tiempo, pueden ir todos a buscar donde creen que puede estar el m?nimo... aunque dado como son las proteinas de grandes y como los aminoacidos se retuercen de forma casi m?gica, pues pueden estar completamente equivocados: si a la hemoglobina le quitamos un s?lo amino?cido, pues ya no se plega para poder capturar el ox?geno!

Son un poco complementarios. El Proteins, por lo que veo, es m?s como un experimento. El Rosetta tiene m?s visos de ser, alg?n d?a, ?til para algo. Ambos son ciertamente complementarios y quiz?s alguien alg?n d?a utilice un sistema que los una. Ninguno ahora mismo est? probando proteinas para solucionar enfermedades actuales, sino poniendo a punto sus procedimientos.

Espero que est? un poquito m?s claro ahora!

Salu2

Enviado el: 13/5/2007 23:47

Editado por Terminal enviado el 14/5/2007 8:29:33
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Re: Diferencia entre Rosetta@home y Proteins@home
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Gracias por responder Terminal, si, ahora lo entiendo m?s, pero me ha dejado con incertidumbre,,,


"Son un poco complementarios. El Proteins, por lo que veo, es m?s como un experimento. El Rosetta tiene m?s visos de ser, alg?n d?a, ?til para algo. Ambos son ciertamente complementarios y quiz?s alguien alg?n d?a utilice un sistema que los una. Ninguno ahora mismo est? probando proteinas para solucionar enfermedades actuales, sino poniendo a punto sus procedimientos."

Esto significa que mi ordenador ahora mismo no esta procesando datos para intentar ayudar a los cientificos que les ayude a encontrar una cura?


Un saludo y gracias por responder!

Enviado el: 14/5/2007 17:08
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Re: Diferencia entre Rosetta@home y Proteins@home
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Acotación:

Raisthuma escribi?:
(...)
Esto significa que mi ordenador ahora mismo no esta procesando datos para intentar ayudar a los cientificos que les ayude a encontrar una cura?


Un saludo y gracias por responder!


S? y no. No hoy, s? en un futuro. Vamos a ver...

Rosetta se est? pensando utilizar en parte su algoritmo para apoyar proyectos tangibles, de enfermedades concretas pero su herramienta no est? a punto al 100%. Todav?a no hay ninguna WU rosetta en boinc sobre ninguna enfermedad, solo pruebas.

Proteins, m?s bien no, y probablemente tampoco muy pronto: est?n creando una base de datos de amino?cidos sobre proteinas conocidas que ser? posible usar en el futuro. Pero no ayudan a ning?n proyecto concreto ahora mismo.

Ninguna de las dos van a solucionar una enfermedad conocida en los pr?ximos meses e incluso a?os. Pero eso no quiere decir que el esfuerzo sea in?til, al contrario es EXTREMADAMENTE UTIL!!

Para que te hagas una idea, conocer la forma de una prote?na a partir de su composici?n es el Santo Grial de la medicina moderna. Empresas como Zeltia (en Espa?a) y un mont?n m?s en el exterior dedican millones de euros y a?os de investigaci?n para desentra?ar la forma y posible utilidad de prote?nas que existen en el medio natural. Suponen, y no es mal suponer, que plantas marinas que no envejecen ni tienen malformaciones o animales que no conocen ciertos tipos de cancer, pueden tener en su "composici?n prot?ica" algo especial.

Por otra parte, en la base de datos de la sociedad qu?mica americana (las siglas creo que est?n en un paper de Rosetta) se pueden encontrar miles de composiciones de prote?nas de las que se encuentran en la naturaleza. Adicionalmente, recombinando amino?cidos (creo que hay como 20) puedes obtener, literalmente, la prote?na que quieras, de peso molecular de unas decenas hasta de varios cientos de millones de unidades (algunas son incluso visibles a simple vista), pero... es como tener un arsenal gigantesco de armas que no sabes como funcionan. Y disparar una cuesta millones y a?os y ni siquiera sabes si va a salir una bala:

... de que vale tener tantas composiciones si no sabemos si valen para algo? De muy poco.

Pero ahora imagina que tenemos una herramienta en el futuro, basada en Proteins o en Rosetta o en Docking, que es capaz de darnos la forma de una prote?na en unos d?as (con miles de ordenadores buscando con un software y procedimiento optimizado, que en eso est?n)... en unos d?as, digo, en vez de en 6 meses que se puede tarda con ensayos y micrograf?a electr?nica.

Sigue imaginando que buscamos una prote?na que encaje exactamente con el anclaje v?rico (el que lo une a una c?lula sana) del virus del SIDA, adem?s, puestos a imaginar, buscamos un anclaje tan amplio que pueda pegarse a todas las mutaciones conodidas.

Ese es nuestro molde.

En un futuro, sigue imaginando que, con nuestro software de predicci?n nos ponemos a correr prote?nas fict?cias - un mill?n de prote?nas - a ver si alguna encaja en ese molde. En meses, no en miles de a?os, podr?amos tener varios candidatos. S?lo habr?a que probar que dichos candidatos no son da?inos para otras funciones celulares (tambi?n se podr?a hacer por computaci?n distribu?da), producirlos en bacterias alteradas geneticamente y probarlos contra enfermedades... bioqu?mica molecular a la carta.

O tambi?n, sigue imaginando, en vez de s?lo coger el molde del virus del sida, porque no coger los moldes de las c?lulas cancerosas (los que son distintos de las c?lulas normales) o del resto de enfermedades conocidas, o el de los radicales libres que nos hacen envejecer, o el de los dep?sitos de priones que matan a las neuronas de viejas... en el fondo, nosotros somos s?lo un mont?n de prote?nas mal disueltas en agua que interact?an entre ellas. Conocer como funcionan no es clave... es LA clave.

Ni hoy, ni ma?ana, ni pasado vamos a encontrar una soluci?n a nada. Pero en menos de veinte o treinta a?os podemos haber creado el arma de destrucci?n masiva de todas las enfermedades... o casi: software para dise?ar prote?nas "a la carta" fabricadas encajar en los moldes que queramos. Incluso persona a persona, incluso enfermedad a enfermedad. Solo necesitaremos tiempo...

Y eso hace Rosetta, y de forma m?s "modesta" y creo que no tan ?til - pero este es mi sentimiento personal -, Proteins o Docking.

No es un sue?o, es el futuro, nen! Aunque no creo que lo veamos ni t? ni yo.

Salu2

m?s info:

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_medical_relevance.php

de este documento, casi al final, en ingl?s:

Acotación:

The above projects are not currently running on BOINC because we don't yet have an efficient queuing system which lets people submit jobs easily, but look for them soon! Also, rest assured that the structure prediction calculations currently running on your computers will have direct bearing on treating disease. There is a three-fold explanation for this direct relationship between structure prediction and disease treatment

Enviado el: 14/5/2007 17:39

Editado por Terminal enviado el 14/5/2007 17:55:35
Editado por Terminal enviado el 14/5/2007 17:57:44
Editado por Terminal enviado el 14/5/2007 17:59:24
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uñas
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Re: Diferencia entre Rosetta@home y Proteins@home
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joe, me ha costado, lo he tenido que editar 5 veces hasta que ha quedado a mi gusto! Si tienes m?s preguntas, aqu? estamos!

Salu2

Enviado el: 14/5/2007 18:00
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uñas
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Re: Diferencia entre Rosetta@home y Proteins@home
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Bestial macho.... sencillamente bestial... ni yo mismo lo hubiera explicado mejor...



Enviado el: 14/5/2007 18:53
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