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Superlink@Technion: Dudas
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Hola

Llevo meses sin recibir unidades de este proyecto, no se si este Superlink@Technion y este Superlink OnLine SNP son lo mismo o no.






NOTA: post de EMYArg, movido desde otro hilo.

Enviado el: 12/5/2013 22:57
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Re: Superlink@Technion: Dudas
Moderador
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Superlink@Technion ayuda a genetistas a realizan análisis de ligamiento genético, que es un método estadístico utilizado para asociar la funcionalidad de los genes con su localización en los cromosomas. Por lo general sirve para la detección de genes mutados que provocan una enfermedad. Este análisis puede ser computacionalmente muy intensivo y ha sido paralelizado para la ejecución simultánea en muchos ordenadores. Los genetistas presentan los datos para el análisis a través de Superlink en línea del portal de análisis de ligamiento. Las tareas son entonces paralelizadas automáticamente y se programan para su ejecución en muchas computadoras en el Technion, en la Universidad de Wisconsin en Madison, y también en muchos ordenadores de todo el mundo.

El ordenador puede ayudar a los genetistas a realizar su análisis más rápido! Todo lo que necesitas hacer es descargar e instalar un cliente pequeño, llamado BOINC. El cliente comenzará los cálculos de acuerdo a la política de planificación predefinida, que por defecto está configurado para iniciar trabajos sólo por las noches y durante los fines de semana. El cliente deberá extraer los datos y el ejecutable de nuestro servidor, realice los cálculos y devolver los resultados de vuelta al servidor. El programa que llevará a cabo los cálculos reales se llama Superlink. Se trata de un programa de análisis de ligamiento genético conocido, desarrollado en nuestro laboratorio, y probado a fondo para asegurarse de que no puede corromper los datos locales. También será capaz de configurar el cliente BOINC para restringir el uso de su ordenador.

La infraestructura BOINC que utilizamos para nuestro proyecto ha sido desarrollado en UC Berkely hace más de 6 años y está instalado en millones de ordenadores en todo el mundo, la realización de diversas tareas científicas (como la búsqueda de inteligencia de señales del espacio exterior SETI@Home - ver http://setiathome . ssl.berkeley.edu).







Superlink-Online SNP; es una poderosa herramienta para el análisis de datos SNP de las familias numerosas.
La herramienta comienza con la eliminación de SNPs erróneas y poco probable de los datos. El algoritmo tiene en cuenta tanto los datos genéticos como las capacidades del software de análisis de ligamiento Superlink. Se prepara un conjunto de archivos de entrada que pueden ser analizados con Superlink en línea y los ejecuta. Estos archivos también pueden ser utilizados más tarde con varias opciones de Superlink Online. Los datos y resultados se almacenan en un servidor seguro en una cuenta personal y pueden ser removidos en cualquier momento por el usuario.
Los usuarios pueden en cada paso archivar fácilmente todos sus resultados a un equipo local como garantía frente a posibles pérdidas de datos.

Superlink-Online SNP realiza masivamente cálculos paralelos que utilizan decenas de miles de CPUs. Una descripción completa del sistema se muestra en el siguiente documento: Un sistema para el exacto y aproximado análisis de ligamiento genético SNP de datos de gran pedigree.

Se ofrece una beca para un uso gratuito de Superlink Online a los investigadores de instituciones académicas y de investigación.

Las cuentas de usuario están disponibles bajo petición por correo electrónico a: superlink@cs.technion.ac.il

Enviado el: 12/5/2013 23:39
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