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RNA World (beta): Nuevo proyecto
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About RNA World (beta):

RNA World project description:


RNA World is a distributed supercomputer that uses Internet-connected computers to advance RNA research. This system is dedicated to identify, analyze, structurally predict and design RNA molecules on the basis of established bioinformatics software in a high-performance, high-throughput fashion.

In contrast to classical bioinformatic approaches, RNA World does not rely on individual desktop computers, web servers or supercomputers. Instead, it represents a continuously evolving cluster of world-wide distributed machines of any type. As such, RNA World is very heterogenous and, depending on the sub-project, currently addresses Internet-connected computers running Linux, Windows and OSX operating systems - your computer could be an important part of it. The fact that hardware and electricity costs are shared among the volunteer contributors raises the possibility of performing interesting analyses which under economical aspects would often not be affordable. In return, RNA World is not for profit, exclusively uses open source code and will make its results available to the public.

In its present form, RNA World runs a fully automated high-throughput analysis software version of Infernal1, a program suite originally developed in Sean Eddys laboratory for the systematic identification of non-coding RNAs. The goal of this RNA World sub-project is to systematically identify all known RNA family members in all organisms known to date and make the results available to the public in a timely fashion. With your help, we also aim at supplying established bioinformatic databases such as Rfam2 with our results to help reduce their future maintenance costs.

In contrast to other distributed and grid computing projects, the RNA World developers are currently designing generalized user interfaces that, in parallel to the projects our own research team is following up, allow non-associated individual scientists to submit their own projects in a manner similar to using a web server interface - of course, free of cost.


Why RNA?

Every protein in a cell is produced from a transiently synthesized messenger molecule, termed mRNA. This mRNA is then recognized by a cellular machinery that translates the base sequence of mRNA into its corresponding protein (which is a sequence of amino acids). This protein synthesis machinery, termed ribosome, is actually a ribozyme, i.e. it is a catalytically active assembly of several RNA molecules. Consequently, RNAs do not only serve as messenger molecules or perform structural functions as e.g. in tRNA but may also act as catalysts that perform biochemical reactions as is the case for protein enzymes. Of course, the ribosome also contains numerous proteins as it is a very complex ribonucleoprotein particle but these predominantly serve structural functions, e.g. to give the ribosome its shape.

Fascinatingly, the initial analysis of the human genome sequence revealed that, apparently, only a very small fraction of the DNA of our genome is encoding proteins. Scientists at first thought "what is all this junk DNA about?" or "can't we just delete it?". Today, it has become clear that probably a major fraction of regulatory events taking place in a human cell might be governed by small RNAs, the so-called miRNAs. Among other functions, these appear responsible for making sure that a skin cell becomes a skin cell while a muscle, liver or hair cell differentiates to a muscle, liver or hair cell during development and all this although the genetic material (DNA) of all of these very different cell types is essentially identical. On top of that it seems that many cancer types are accompanied by or even result from a deregulated miRNA profile in the affected cell. Moreover, viruses have been discovered to bring along miRNAs to modify the target cell's regulatory network leading to diseases.

Hence, we can clearly state that investing into RNA research, e.g. by supporting the RNA World distributed supercomputer project, will ultimately lead to important discoveries that might also have significant impact on future health care.




Sobre RNA World (beta):

Descripción del proyecto RNA World:


RNA World es una supercomputadora distribuida que utiliza ordenadores conectados a Internet para avanzar en la investigación del ARN. Este sistema está dedicado a identificar, analizar, predecir y diseñar estructuralmente moléculas de ARN a partir de software de bioinformática que estableció un alto rendimiento y de alto rendimiento de la moda.

En contraste con los enfoques clásicos bioinformáticas, RNA Mundial no se basa en equipos de escritorio individuales, servidores web o supercomputadoras. Por el contrario, representa un grupo en constante evolución de todo el mundo máquinas distribuidas de cualquier tipo. Como tal, el ARN del Mundo es muy heterogénea y, dependiendo de la sub-proyecto, que actualmente se ocupa de computadoras conectadas a Internet con Linux, Windows y sistemas operativos OSX - el equipo podría ser una parte importante de ella. El hecho de que los costos de hardware y la electricidad son compartidos entre los colaboradores voluntarios plantea la posibilidad de realizar interesantes análisis que bajo aspectos económicos no suelen ser asequibles. A cambio, el ARN del Mundo no es con fines de lucro, exclusivamente con código fuente abierto y pondrá sus resultados a disposición del público.

En su forma actual, el ARN Mundial gestiona un sistema totalmente automatizado de alto rendimiento de la versión de software de análisis Infernal1, un paquete de programas desarrollado originalmente en Eddys Sean laboratorio para la identificación sistemática de los ARN no codificantes. El objetivo de este ARN Mundial sub-proyecto es identificar sistemáticamente todos los conocidos miembros de ARN de la familia en todos los organismos conocidos hasta la fecha y poner los resultados a disposición del público de manera oportuna. Con su ayuda, nosotros también apuntan a suministrar establecido bases de datos bioinformáticas como Rfam2 con los resultados para ayudar a reducir sus costos de mantenimiento futuros.

A diferencia de otros proyectos de computación distribuida y de la red, los desarrolladores Mundo de ARN son actualmente el diseño de interfaces de usuario generalizadas que, paralelamente a los proyectos de nuestro propio equipo de investigación está dando seguimiento, permiten no asociados científicos individuales a presentar sus propios proyectos de manera similar al uso de una interfaz de servidor web - por supuesto, libre de costo.


¿Por qué el ARN?


Cada proteína en una célula se produce a partir de una molécula mensajera transitoriamente sintetizada, denominado ARNm. Este ARNm es entonces reconocido por una maquinaria celular que traduce la secuencia de bases del ARNm en su correspondiente proteína (que es una secuencia de aminoácidos). Esta maquinaria de síntesis de proteína, denominada ribosoma, es en realidad una ribozima, es decir, es un conjunto de catalíticamente activo de varias moléculas de ARN. En consecuencia, los ARN no sólo sirven como moléculas mensajeras o realizar funciones estructurales, como por ejemplo en el tRNA sino también pueden actuar como catalizadores de reacciones bioquímicas que llevan a cabo como es el caso de enzimas de las proteínas. Por supuesto, el ribosoma también contiene numerosas proteínas, ya que es una partícula de ribonucleoproteína muy complejo pero éstos sirven predominantemente funciones estructurales, por ejemplo para dar el ribosoma su forma.

Es fascinante, el análisis inicial de la secuencia del genoma humano reveló que, al parecer, sólo una fracción muy pequeña del ADN de nuestro genoma es la codificación de proteínas. Los científicos de primer pensamiento "¿qué es todo este ADN basura alrededor?" o "no podemos simplemente borrar?". Hoy en día, se ha hecho evidente que, probablemente, una fracción importante de los eventos reguladores que tienen lugar en una célula humana puede ser gobernado por ARN pequeños, los miRNAs llamados. Entre otras funciones, estos aparecen responsable de asegurarse de que una célula de la piel se convierte en una célula de la piel, mientras que una célula de músculo, el hígado o el cabello que diferencia a una célula de músculo, el hígado o el cabello durante el desarrollo y todo esto a pesar de que el material genético (ADN) de todos estos tipos de células muy diferentes es esencialmente idéntica. Además de eso, parece que muchos tipos de cáncer son acompañados por o como resultado de un perfil de miARN desregulación en la célula afectada. Además, los virus han sido descubiertos para traer a lo largo de miRNAs para modificar la red de regulación de la célula diana que conduce a enfermedades.

Por lo tanto, es evidente que se puede afirmar que la inversión en el ARN de investigación, por ejemplo, mediante el apoyo al proyecto Mundo RNA supercomputadora distribuida, en última instancia conducir a descubrimientos importantes que también pueden tener un impacto significativo sobre la salud en el futuro.




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http://www.rnaworld.de/rnaworld/apps.php




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Url proyecto: http://www.rnaworld.de/rnaworld/

Url equipo: http://www.rnaworld.de/rnaworld/team_display.php?teamid=54

Server status: http://www.rnaworld.de/rnaworld/server_status.php

Enviado el: 6/2/2010 16:50

Editado por ljfc2001 enviado el 20/9/2012 15:11:16
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Re: RNAworld
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No sabemos si durará mucho el registro en abierto, asi que todo el interesado que aproveche y se registre.


Enviado el: 7/2/2010 23:06
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Re: RNAworld
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Entre la inmensidad de la cola de unidades de SIMAP esta noche han aparecido unas bonitas WUs de RNA y ya tengo los primeros puntos del proyecto.

Por cierto, en vez de numeraciones genericas como en otros proyectos, las WUs tienen nombres como Lactobacilus, Citrobacter, Arcobacter, etc etc ... muy cientificos jejeje

Como dice Califa, aprovechad a registraros ahora que se puede.

Avisados estais

Enviado el: 9/2/2010 9:52
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Re: RNAworld
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Parece ser que el administrador del sistema ha lanzaco unas pocas miles de unidades para probar y se han acabado muchísimo mas rápido de lo que él se esperaba (así lo comenta en su web).

Tiene previsto lanzar mas unidades entre mañana y pasado.

Enviado el: 10/2/2010 1:53
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Re: RNAworld
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yo me apunto kon vosotros al RNAworld ke tiene wuena pinta ;D

Enviado el: 10/2/2010 1:59
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Re: RNAworld
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jeje, justo acababa de ver que te habías apuntado.

Ya sabes, ahora mismo está seco, pero seguramente mañana ya habrá curro.

Enviado el: 10/2/2010 2:11
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Re: RNAworld
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Ya hay trabajo disponible para este nuevo proyecto médico, en el que actualmente somos el nº 2 hispano.


Enviado el: 10/2/2010 11:38
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Re: RNAworld
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Uno más aportando su granito de arena, que aunque escasito, no deja de ser parte de la montaña ;o)

Saludos,

Enviado el: 10/2/2010 19:16
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Saludos,

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Re: RNAworld
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Yo también me he bajado unas cuantas tareas de este proyecto.

He tenido un problema; al tener seleccionado como protector de pantallas Boinc y ser Rna el último proyecto dado de alta, me ha puesto el protector de este proyecto. Cuando enciendí la pantalla y ví todo negro dije cuelge? raro. Hice un control+alt+supr y vi que me habría 60 ventanas de Adobe Flash Player para visionar el salvapantallas. Solución selccionar otro protector.

Por si le pasa a alguien más...mi testimonio verídico

Enviado el: 10/2/2010 22:02
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Re: RNAworld
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Yo tambien me he apuntado a RNA.

Por cierto, para que usais el salvapantallas, si es por estética vale, pero, depende del salvapantallas que pongas, consume algo, muy poco pero algo, de cpu y grafica.

En windows, el salvapantallas que yo uso es pantalla negra y apagado de monitor en las opciones de energia.

En linux ni siquiera cargo modo grafico, arranco en "init 3" y controlo la maquina desde otra en windows.

un saludo
Jose.

Enviado el: 11/2/2010 9:03
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Re: RNAworld
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Eso mismo hago yo, pantalla negra y apagado.


Algunos salvapantallas he visto que consumen hasta un 15% de cpu.

Por cierto, que nos hemos situado como nº 1 hispano casi triplicando la puntuación del siguiente clasificado. No está mal para empezar verdad?.



Enviado el: 11/2/2010 9:23
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Re: RNAworld
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Hola Califa,

Ayer comentastes que eramos el 2º hispano, ¿quien era el primero? porque hoy le sacamos un monton de ventaja a Titanes y no hemos hecho tantos puntos en un dia.

Tengo que decir que estoy mirando las estadisticas en boincstats y son poco de fiar.

Un saludo
Jose.

Enviado el: 11/2/2010 9:49
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Re: RNAworld
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12/02/2010 3:17:49 RNA World Message from server: No work sent
12/02/2010 3:17:49 RNA World Message from server: cmcalibrate is not available for your type of computer.
que significa este mensaje?
estaba tratando de unirme y despues de hacerlo, me viene con estas....

Enviado el: 12/2/2010 3:19
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sabes vivir?? aprovecha tu sabiduria...!!!!
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Re: RNAworld
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El nº 1, en ese momento, era TitanesDC, pero por 19 puntos de diferencia nada mas, por eso ha sido relativamente sencillo recuperar el nº 1 que había sido nuestro. Nos adelantaron hace un par de días, y con el lanzamiento de nuevas unidades hemos recuperado el puesto.


Ahora se han vuelto a terminar las unidades. Estaremos pendientes para una nueva remesa.

Enviado el: 12/2/2010 9:02
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Re: RNAworld
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Donde dije digo, digo Diego: ya hay unidades otra vez.

Enviado el: 12/2/2010 12:02
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