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Najmanovich Research Group: Nuevo proyecto
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About Najmanovich Research Group:

Najmanovich Research Group - NRG is a research project that uses Internet-connected computers to do research in Molecular Recognition and Computational Biology. You can participate by downloading and running a free program on your computer.

NRG is based at Université de Sherbrooke:

Université de Sherbrooke.

Bioinformatics and Computational Biology (BCB) research group.

We are looking for additional volunteers to speed up research on numerous projects with direct impact on health. Projects aiming at the characterization of novel inhibitors targeting:

Matriptase protease involved in the progression of skin cancer.
Protease matriptase-2 plays a role in iron homeostasis
The GPCRs involved in diabetes.
The kinases responsible for triple negative breast cancer.


Research Topics:

The majority of biochemical and cellular processes involve interactions between proteins, nucleic acids and small molecules. At the molecular level, these interactions are governed by a delicate balance between entropic effects and molecular forces involving groups that interact together. Collectively these molecular forces and entropic effects can be grouped under the term molecular recognition (Leckband and Israelachvili, 2001). To describe the specific molecular interactions that occur within a cell, we must consider the "promiscuous liaison" from the fact that the cellular environment contains a myriad of molecules that can interfere with specific interactions. In this regard, we studied the relationship between structure and function of binding sites of several protein families. In this study, we observed that non-homologous proteins that have evolved to the same specificity for ligand binding sites are different.

We believe that this difference helps to limit the promiscuity of binding and that the study of promiscuous liaison is essential to our understanding and prediction of the evolution of protein function. Moreover, the promiscuous binding plays a critical role in medicine. Indeed, we only think of the side effects that may cause undesirable interactions between drugs and proteins other than those targeted. Our goal is to study the structural causes, control mechanisms and consequences of promiscuous liaison with the integration of structural studies and systems biology. We will then be able to understand and predict protein function and apply this knowledge to the development of innovative methodology to detect, prevent and exploit the promiscuity of binding in the "design" and the rational development of new drugs. For example, in the study of proteins in the human sulfotransferase family, involved in the regulation of hormones and neurotransmitters as well as in the metabolism of drugs and other xenobiotic molecules.

We are currently forming our research group and recruit students and students of all levels to work on a series of projects resulting from the research areas described above. Knowledge in bioinformatics or programming is not necessary: ​​they can be acquired through the project. Students will also have the opportunity to learn other methods and techniques, the use of the resources of the chemo-informatics and bioinformatics for molecular data (including sequence data, the structure and chemical composition) and quantitative tools to use to make the analysis and interpretation of a biological standpoint. Our group has a computational analysis laboratory located in the brand new Institute of Pharmacology of the Health Campus.


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Acerca de Grupo de Investigación Najmanovich:

Najmanovich Grupo de Investigación - NRG es un proyecto de investigación que utiliza ordenadores conectados a Internet para hacer investigación en Reconocimiento Molecular y Biología Computacional. Usted puede participar descargando y ejecutando un programa gratuito en su computadora.

NRG está basado en la Université de Sherbrooke

Université de Sherbrooke.

Bioinformática y Biología Computacional (BCB) el grupo de investigación.

Estamos buscando voluntarios adicionales para acelerar la investigación en numerosos proyectos con impacto directo sobre la salud. Proyectos destinados a la caracterización de nuevos inhibidores de la focalización:

Matriptase proteasa implicados en la progresión del cáncer de piel.
Proteasa Matriptase-2 juega un papel importante en la homeostasis del hierro.
Los GPCRs implicados en la diabetes.
Las quinasas responsables del cáncer de mama triple negativo.


Líneas de Investigación:

La mayoría de los procesos bioquímicos y celulares implican interacciones entre proteínas, ácidos nucleicos y moléculas pequeñas. A nivel molecular, estas interacciones se rigen por un delicado equilibrio entre los efectos entrópicos y las fuerzas moleculares que participan grupos que interactúan entre sí. En conjunto, estas fuerzas moleculares y efectos entrópicos se pueden agrupar bajo el término reconocimiento molecular (Leckband y Israelachvili, 2001). Para describir las interacciones moleculares específicas que se producen dentro de una celda, debemos tener en cuenta el "enlace promiscuo" por el hecho de que el ambiente celular contiene una gran cantidad de moléculas que pueden interferir con las interacciones específicas. En este sentido, se estudió la relación entre estructura y función de los puntos de unión de varias familias de proteínas. En este estudio, se observó que no las proteínas homólogas que han evolucionado a la misma especificidad de los sitios de unión al ligando son diferentes.

Creemos que esta diferencia ayuda a limitar la promiscuidad de la unión y que el estudio del enlace promiscuo es esencial para la comprensión y la predicción de la evolución de la función de la proteína. Por otra parte, la unión promiscua juega un papel fundamental en la medicina. De hecho, sólo pensamos en los efectos secundarios que puede ocasionar interacciones no deseadas entre las drogas y otras proteínas distintas de las contempladas. Nuestro objetivo es estudiar las causas estructurales, mecanismos de control y las consecuencias de la promiscuidad de enlace con la integración de los estudios estructurales y biología de sistemas. A continuación, será capaz de comprender y predecir la función de proteínas y aplicar este conocimiento para el desarrollo de una metodología innovadora para detectar, prevenir y explotación de la promiscuidad de la unión en el "diseño" y el desarrollo racional de nuevos fármacos. Por ejemplo, en el estudio de las proteínas de la familia sulfotransferasa humana, implicada en la regulación de las hormonas y los neurotransmisores, así como en el metabolismo de los fármacos y otras moléculas de xenobióticos.

En la actualidad estamos formando nuestro grupo de investigación y reclutar estudiantes y alumnos de todos los niveles a trabajar en una serie de proyectos resultantes de las áreas de investigación se ha descrito anteriormente. Conocimiento de la bioinformática o la programación no es necesario: que se puede adquirir a través del proyecto. Los estudiantes también tendrán la oportunidad de conocer otros métodos y técnicas, el uso de los recursos de la quimio-informática y la bioinformática para los datos moleculares (incluyendo datos de la secuencia, la estructura y composición química) y el uso de herramientas cuantitativas para hacer el análisis y la interpretación de un punto de vista biológico. Nuestro grupo cuenta con un laboratorio de análisis computacional ubicado en el nuevo Instituto de Farmacología del Campus de la Salud.



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http://boinc.med.usherbrooke.ca/nrg/apps.php




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Url proyecto: http://boinc.med.usherbrooke.ca/nrg/

Url equipo: http://boinc.med.usherbrooke.ca/nrg/team_display.php?teamid=20

Server status: http://boinc.med.usherbrooke.ca/nrg/server_status.php


Enviado el: 11/11/2011 23:54

Editado por ljfc2001 enviado el 19/9/2012 15:12:59
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Re: Najmanovich Research Group: Nuevo proyecto
Moderador
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El deadline de las tareas es de seis horas, pone las tareas en alta prioridad y en espera las que estaban ejecutándose.

Enviado el: 12/11/2011 10:54
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Re: Najmanovich Research Group: Nuevo proyecto
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Me comenta que no le quedan unidades para analizar.....Desde luego, estáis hechos unos glotones. No me habéis dejado ni probarlas, jajaja. :D

Enviado el: 12/11/2011 16:25
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Si no te das el placer de conocerme, no podras darte el lujo de olvidarme
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Re: Najmanovich Research Group: Nuevo proyecto
Guest_
Hola

Parece que ya no se pueden procesar unidades de NRG con Windows, hace pocas horas en "Avisos" de Boinc Manager aparecio uno de NRG que dice "FlexAID Docking is not available for your type of computer" y en "Programas" del sitio de NRG aparece esto: Programas



Enviado el: 30/6/2013 20:20
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Re: Najmanovich Research Group: Nuevo proyecto
Guest_
Hola

Desde el 3 de Julio de 2013 hay unidades nuevas en NRG, las Flex_AID 2.15 fallaban asi que las han reemplazado por las Flex_AID 2.17, pero sigue habiendo problemas para descargarlas, igual que antes BoincManager las pone en estado de"Descarga fallida"



Enviado el: 4/7/2013 23:36
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