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Dna: Nuevo proyecto
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Description:

The goal of DNA@Home is to discover what regulates the genes in DNA. Ever notice that skin cells are different from a muscle cells, which are different from a bone cells, even though every cell in your body has every gene in your genome? That's because not all genes are "on" all the time. Depending on the cell type and what the cell is trying to do at any given moment, only a subset of the genes are used, and the remainder are shut off. DNA@home uses statistical algorithms to unlock the key to this differential regulation, using your volunteered computers.

The primary means by which genes are regulated is at the stage of "transcription" where a molecule called a polymerase reads along the DNA from the start of the gene to the end of the gene creating an RNA messenger. Other molecules, called transcription factors, bind to the DNA near the beginning of the gene and can help to recruit the polymerase or they can get in the way of, or inhibit, the polymerase. It is the presence or absence of the binding of these transcription factors that determine whether a gene is "on" or "off" but, for the most part, scientists do not know which transcription factors are responsible for regulating which genes.

Transcription factors have "fingers" that prefer a certain short, sloppy pattern in the nucleotides "letters" of a DNA sequence, but in many cases we don't know what these patterns are. Our software looks for short sequences of nucleotides that appear more-or-less the same near multiple gene beginnings and which also appear more-or-less the same in the corresponding locations in the genomes of related species. As DNA sequences are huge, ranging from millions to billions of nucleotides, and these sequences are short and only approximately conserved from one site to the next, this is a real needle-in-the-haystack problem and requires lots of computational power. We hope that your computers can help.

Our current plans involve tackling the Mycobacterium tuberculosis genome to thoroughly understand how tuberculosis accomplishes what it does -- so that others can use that information to stop this disease that kills millions every year. We also plan to tackle Yersinia pestis, the cause of bubonic plague.


Institution: DNA@Home is based at Rensselaer Polytechnic Institute

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Descripción:

El propósito de ADN @ Home es descubrir lo que regula los genes en el ADN. ¿Ha notado que las células de la piel son diferentes de las células musculares, que son diferentes de las células del hueso, a pesar de que cada célula de su cuerpo cada gen es su genoma? Esto se debe a que todos los genes están "en" todo el tiempo. Dependiendo del tipo de células y que la célula está tratando de hacer en un momento dado, sólo un subconjunto de estos genes se utiliza, y el resto está cerrado. ADN@home utiliza algoritmos estadísticos para desbloquear la clave de esta regulación diferencial, utilizando los equipos de voluntarios.

El medio principal por el que se regulan los genes está en la etapa de "transcripción", donde una molécula llamada polimerasa, lee a lo largo del ADN desde el comienzo del gen hasta el final de la creación de un gen de ARN mensajero. Otras moléculas, llamadas factores de transcripción, se unen al ADN cerca del comienzo del gen y puede ayudar a reclutar a la polimerasa, o pueden ponerse en el camino, o inhibir la polimerasa. La presencia o ausencia de la unión de estos factores de transcripción que determinan si un gen es "on" u "off", pero en su mayor parte, los científicos no saben cuáles son los factores de transcripción es responsable de la regulación génica.

Los factores de transcripción tienen "dedos" que prefieren una cierta cantidad, descuidado en el modelo de nucleótidos "letras" de la secuencia de ADN, pero en muchos casos no sabemos lo que son estos modelos. Nuestro software de búsqueda de secuencias cortas de nucleótidos que aparecen más o menos cerca de los comienzos mismos genes múltiples y aparecen como más o menos lo mismo en los lugares correspondientes en los genomas de especies relacionadas. Como las secuencias de ADN son enormes, incluyendo los millones de millones de nucleótidos, y estas secuencias son cortas y sólo conserva un sitio a otro, es un verdadero problema de encontrar la aguja en un pajar, y requiere mucha potencia de cálculo. Esperamos que el ordenador puede ayudarnos.

Nuestros planes actuales se encuentran en la lucha contra el genoma de Mycobacterium tuberculosis a entender cómo la tuberculosis hace lo que hace - por lo que otros pueden utilizar esta información para detener esta enfermedad que mata a millones de personas cada año. También tenemos planes de lucha contra la Yersinia pestis, la causa de la peste bubónica.

ADN@Home tiene su sede en el Instituto Politécnico Rensselaer.




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Plataformas:
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Microsoft Windows running on an AMD x86_64 or Intel EM64T CPU
Linux running on an Intel x86-compatible CPU
Linux running on an AMD x86_64 or Intel EM64T CPU
Mac OS 10.4 or later running on Intel
Intel 64-bit Mac OS 10.5 or later




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Url proyecto: http://volunteer.cs.und.edu/dna/index.php

Url equipo: http://volunteer.cs.und.edu/dna/team_display.php?teamid=26

Server status: http://volunteer.cs.und.edu/dna/server_status.php


Instituto Politécnico Rensselaer: http://www.rpi.edu/

Enviado el: 8/11/2011 15:39

Editado por ljfc2001 enviado el 8/11/2011 16:19:39
Editado por ljfc2001 enviado el 31/1/2012 15:37:34
Editado por ljfc2001 enviado el 27/2/2012 16:17:23
Editado por ljfc2001 enviado el 27/2/2012 17:23:30
Editado por ljfc2001 enviado el 20/3/2012 18:29:08
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Re: Dna: Nuevo proyecto
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Actualmente dispone de tareas.

Enviado el: 27/2/2012 16:11
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Re: Dna: Nuevo proyecto
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Y hay que tener en cuenta que su web ha cambiado. Por ejemplo su estado del servidor:

http://volunteer.cs.und.edu/dna/server_status.php

Jose.

Enviado el: 27/2/2012 16:41
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Re: Dna: Nuevo proyecto
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Pues ya vuelve a tener unidades despues de unos dias en dique seco.
Proyecto interesante y ademas con aplicaciones 64 bits xD .

Enviado el: 20/3/2012 16:28
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Re: Dna: Nuevo proyecto
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Arregladas las direcciones url, gracias por el aviso.

Enviado el: 20/3/2012 18:30
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Re: Dna: Nuevo proyecto
Aprendiz en Boinc
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Hola

Hoy DNA@Home ha aparecido en la lista de proyectos retirados de mi perfil de BoincStats. He podido procesar solo unas pocas unidades y hoy me encuentro con que lo han retirado.

Esto han publicado en su sitio: Notice for DNA@Home Users
DNA@Home is transitioning to a sub-project of Citizen Science Grid. DNA@Home workunits will be sent out from the Citizen Science Grid project. You can link your DNA@Home account to your account on Citizen Science Grid so it will continue to gain credit for completing DNA@Home workunits on Citizen Science Grid by visiting the link accounts webpage.
You can visit the old forums and the old homepage while the transition is in progress.


No he tenido tiempo de leer pero aqui seguramente hay mas info al respecto: http://volunteer.cs.und.edu/dna/index.php



Enviado el: 5/10/2014 20:34
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Re: Dna: Nuevo proyecto
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Hola Emy.

DNA no ha desaparecido aunque sí como un proyecto independiente dentro de la plataforma Boinc. Desde hace unos días ha quedado incorporado a un proyecto "paraguas", al estilo de WCG, Ibercivis,etc. denominado Citizen Science Grid (CSG). Es decir, la labor cientifica del proyecto continua aunque su soporte en Boinc ha cambiado. Yo sigo procesando unidades de DNA pero ahora es el CSG el que me las proporciona.

Lo que no he conseguido es que la plataforma que uso para ver las estadísticas, Boincstats, refleje bien el nuevo proyecto CSG en sus estadísticas. Incluso les he puesto mensaje en el foro pero aún no he tenido respuesta.


Enviado el: 6/10/2014 8:41
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Re: Dna: Nuevo proyecto
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Corrección: En Boincstats ya se puede ver el nuevo proyecto "paraguas" y ya salen sus estadísticas.

Enviado el: 6/10/2014 8:48
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Re: Dna: Nuevo proyecto
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¿Entonces si sigo procesando para DNA desde Citizen Science Grid los créditos se verán reflejados en BoincStats? Si es así me uniré a Citizen Science Grid.

Enviado el: 6/10/2014 19:36
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Re: Dna: Nuevo proyecto
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Los créditos los veras ahora en Citizen Science Grid, al igual que pasa con los creditos de los proyectos que corren bajo el paraguas de World Community Grid.

Por lo menos desde BOINCstats ya se pueden ver.

Enviado el: 7/10/2014 8:38
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