Bueno, no son tan pocos. De los que yo me acuerdo ahora tienes los siguientes:

GPUGrid
Collatz Conjeture
DistrRTgen
Albert
MilkyWay
Moo! Wrapper
POEM
PrimeGrid


Y hay proyectos que mandan trabajo tanto para cpu como para gpu:

Einstein
Ibercivis
Seti
Seti Beta
WorldCommunityGrid


Tienes bastante donde elegir, y si te gustan los proyectos médicos, GPUGrid para nVidia y POEM para ATI, son los indicados.

Si lo que quieres es obtener el máximo nº de puntos, creo que DistrRTgen es el indicado.

Hombre pocos no son xD.
Y ahora con el lenguaje de programacion OpenCL que es en teoria mas abierto que CAL o CUDA y con las nuevas tarjetas AMD HD7000 que pueden paralelizar los procesos yo pienso que ya muchos mas proyectos podrian crear aplicaciones para las GPUs.

Como bien te han dicho ya, si te interesan los proyectos medicos :
POEM , GPUGrid y WCG ( HCC en GPU ) para cuando lo saquen definitivamente.
Saludos!

He comenzado procesando unidades de proyectos medicos porque me parcecen los mas utiles para un mayor numero de personas y busco proyectos que usen la tarjeta grafica para darle utilidad a la GPU, no tanto por los puntos que se obtienen.

¿Si los juegos y otras muchas aplicaciones funcionan indistintamente en graficas Nvidia o Radeon por que no sucede lo mismo con con las unidades GPU de Boinc? seria mejor si todas las unidades GPU pudieran procesarse igualmente con Radeon y Nvidia.

Si, sería lo lógico, pero eso es cosa de los programadores de los proyectos. Los dos micros no son iguales, y la programación no es igual.

Encontre un articulo bastante reciente sobre OpenCL en procesadores Intel Ivy Bridge, esto podria servir para procesar unidades GPU ATI Radeon en las GPU de los nuevos procesadores Intel:
OpenCL llega a Ivy Bridge para aprovechar al maximo el procesador

Otro articulo con comparativas:
AMD Llano vs. Intel Ivy Bridge: comparativa OpenCL


Saludos.