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1. Docking Proteinas
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Docking Proteinas

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Todos los medicamentos incluyen en su composición una sustancia química llamada principio activo (a la que genéricamente denominaremos ligando) y que es responsable de la actividad de dicho medicamento.

El resto de sus componentes, denominado excipiente, está constituido por sustancias inactivas cuya misión, entre otras, es asegurar que el principio activo llegue al lugar donde debe actuar.

Estos lugares normalmente se encuentran localizados tanto en la superficie como en el interior de ciertas estructuras macromoleculares "receptores" como son las proteínas y los ácidos nucleicos entre otros.

Al final de su viaje, un ligando ha de encontrar su centro activo y acoplarse a él. Este proceso, denominado docking, es bastante complejo y en él entran en juego una serie de procesos químicos gobernados por leyes de físicas, entre ellas las que tienen que ver con la energía que se consume o libera en tal proceso.

El saber cómo ocurre esta unión, así como la caracterización y cuantificación de los distintos eventos que tienen lugar en tal proceso, es un área de investigación en creciente desarrollo, ya que este conocimiento nos aportará los elementos necesarios que nos permitirá, en teoría, diseñar moléculas con la estructura óptima necesaria para que su actividad sea no sólo mucho mejor, sino que además no produzca interferencias con otros centros activos no deseados, lo que darían lugar a los conocidos "efectos secundarios".

En la actualidad contamos con sofisticadas técnicas experimentales de cuyos resultados se extrae información tridimensional tanto de las proteínas como de los ligandos, es decir, cómo están situados sus átomos en el espacio y cuál es la disposición geométrica de la unión entre ambos. Por lo tanto, sabemos cómo se han unido las moléculas y cuánto vale esa unión. Si fuéramos capaces, a partir de esas estructuras tridimensionales y con las leyes físicas y químicas que conocemos, de reproducir los resultados experimentales, estaríamos en la posición de poder predecir, para cualquier otro ligando, cómo sería su unión y cuánto valdría, antes de hacer costosas pruebas farmacológicas.



Lo que hacemos...

Nuestro objetivo fundamental es encontrar nuevas moléculas que puedan convertirse en fármacos eficaces en la lucha contra el cáncer. Para ello trabajamos en el desarrollo de algoritmos cuya finalidad consiste en predecir cómo estas moléculas se unen a sus receptores biológicos y así poder, de alguna manera, modular el comportamiento de éste, por ejemplo, inhibiendo el ciclo reproductivo del ADN dañado, frenando por tanto la proliferación de las células cancerígenas.

La búsqueda de estas moléculas se realiza en grandes bases de datos que llegan a contener millones de ellas. Además, cada una de estas moléculas tiene una complejidad estructural inherente que se traduce en multitud de disposiciones tridimensionales distintas que es necesario tener en cuenta y probar. Esto hace que el número total de estructuras a evaluar sea virtualmente infinito.

Para poder realizar este tipo de experimentos es necesario disponer de potentes ordenadores, y cuantos más mejor. Es aquí donde proyectos como Ibercivis adquieren una relevancia especial.

Ibercivis nos va a permitir cribar virtualmente, que es como se conoce a la técnica que estamos desarrollando, millones de moléculas en tiempo record. Esto supone una aceleración muy importante en el proceso de diseño de nuevas moléculas, muy largo y costoso en la actualidad.

Los proyectos de computación voluntaria cumplen una doble misión. Por una parte representan una ayuda inestimable en cuanto a la cantidad de cálculos que podemos realizar. Por otra, los voluntarios entran en contacto directo con la investigación científica que se está realizando en su propio ordenador, adquiriendo nuevos conocimientos y mayor concienciación del problema a resolver.

Algunos proyectos similares que ya han obtenido resultados prometedores son el salva pantallas de la Universidad de Oxford dedicado al cáncer y WISDOM a la malaria. En el primer caso, y después de un año, se llegaron a usar alrededor de 1.5 millones de ordenadores en más de 200 países. Con Ibercivis esperamos obtener resultados competitivos.

Aunque a una escala sensiblemente menor en la Unidad de Bioinformática del CBMSO ya hemos empezado a obtener resultados importantes en un par de proyectos relacionados con el cáncer. En concreto hemos patentado varias moléculas con resultados experimentales positivos.



(Extraído del blog de Ibercivis)

Enviado el: 1/7/2008 17:43

Editado por ljfc2001 enviado el 24/9/2012 23:15:57
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Re: 1. Docking Proteinas
Interesado en Boinc
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27/11/2009 12:59
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Mensajes: 12
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Hola
Soy parte del equipo de grid-france.fr y e traducido al francés :
- La plataforma de Ibercivis
- El proyecto Dokcing
- El proyecto Neurosim
- El proyecto Amiloide

Os interesa?

PS : Os ruego de disculparme por mis faltas. - Del espanol al frances me va mas bien :)

Enviado el: 27/11/2009 14:25
_________________
Puedo resistir a todo, menos a la tentación ...
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